Управление таким многопрофильным вузом, каким является Жезказганский университет имени О.А. Байконурова, а также коренные преобразования в системе высшего образования, вызвали необходимость формирования структуры университета, которая обеспечивает качество учебного, воспитательного и научного процессов и, в тоже время, отвечает требованиям оптимальности и эффективности в целом.